Die Lagune von Knysna umfasst 17 Quadratkilometer Gezeitenästuar, das von fünf Flüssen gespeist und von zwei Sandsteinvorgebirgen bewacht wird, die von den Einheimischen die „Heads“ genannt werden.
Drei Jahrhunderte lang fürchteten Seefahrer den schmalen Kanal zwischen ihnen – Baumstämme aus den Yellowwood-Wäldern der Region wurden an ruhigen Tagen hindurchgefloßt, wobei Holzhändler die Gezeitentabellen wie eine Liturgie beobachteten. Heute beherbergt das Ästuar Austernbänke, geschützte Feuchtgebiete und eine Ansammlung von Handwerkshäfen, von denen jeden Morgen kleine Schiffe durch die Lücke fahren.
Bootsfahrten in Knysna starten in Thesen Island Harbour Town, einem ehemaligen Industriehafen, der heute eine Wohnmarina an der Long Street ist. Das Wasser der Lagune wechselt je nach Flusszufluss flussaufwärts zwischen Grün und Zinngrau; wenn die Flüsse Knysna und Bitou Süßwasser in das Becken drücken, sinkt der Salzgehalt und die Farbe hellt sich auf. Charteranbieter navigieren am südlichen Ufer vorbei an Leisure Isle und Belvidere und folgen dem Kanal, der sich in Richtung der Heads vertieft. Der östliche Head ragt 120 Meter empor, bedeckt mit Fynbos und Milkwood; der westliche Head ist niedriger und beherbergt das Featherbed Nature Reserve, das nur mit dem Boot und der Seilbahn erreichbar ist. Dazwischen strömt der Indische Ozean durch eine 200 Meter breite Passage und erzeugt stehende Wellen, die sich mit der Gezeitenströmung verschieben.
Die Lagune selbst fungiert als Kinderstube für über 200 Fischarten. Galjoen und Kob ziehen mit der Flut herein; Reiher und Schreiseeadler patrouillieren an den Schilfbänken entlang des Nordufers. Austernfarmen sind in den Untiefen nahe Thesen Island verankert, ihre Zuchtlinien sind bei Ebbe sichtbar. Die meisten Kreuzfahrtanbieter bieten Verkostungen der lokalen pazifischen Austern an, gepaart mit Sauvignon Blanc von den nahegelegenen Weingütern der Plettenberg Bay. Abendliche Abfahrten legen ihre Rückkehr so, dass sie mit der goldenen Stunde zusammenfällt, wenn der westliche Head einen Schatten über den Kanal wirft und die Wasservögel sich in den Mangroven niederlassen. Das Ästuar bleibt das ganze Jahr über schiffbar, obwohl die Winterdünung zwischen Juni und August gelegentlich die Heads für kleinere Boote unpassierbar macht. Das Büro der South African National Parks überwacht die Bar-Bedingungen täglich und setzt jeden Morgen Freigabeflaggen am Hafen.
Kommerzielle Charter begannen 1998 von Thesen Island aus zu operieren, nachdem die Hafenumwandlung Pontons für die Öffentlichkeit zugänglich machte. Die Schiffe reichen von Festrumpfschlauchbooten bis hin zu zweistöckigen Katamaranen, die meist 12 bis 50 Passagiere befördern. Die Abfahrten liegen zwischen 09:00 und 17:30 Uhr, um die Gezeitenruhe und die Sicht durch die Heads zu maximieren.
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