Die Knysna-Lagune erstreckt sich über siebzehn Quadratkilometer geschützte Flussmündung, wo der Knysna River durch eine schmale Lücke, die von zwei Sandsteinklippen, den sogenannten Heads, flankiert wird, in den Indischen Ozean mündet. Der östliche Head ragt einhundertfünfzehn Meter über dem Meeresspiegel auf.
Der westliche Head ist etwas niedriger, aber zugänglicher. Beide wurden im sechzehnten Jahrhundert von portugiesischen Seefahrern benannt, die die Passage für zu tückisch für Segelschiffe hielten. Die Lagune selbst blieb ein Grenzposten bis 1804, als George Rex, von dem gemunkelt wird, er sei ein unehelicher Sohn von Georg III., entlang ihres Nordufers ein Holzexportgeschäft gründete. In den 1880er Jahren war Knysna der wichtigste Hartholzhafen der Garden Route geworden, wobei Gelbholz- und Stinkholzflöße den Fluss hinuntergeflößt und im Schutz der Lagune auf Küstenschoner verladen wurden.
Heute dient die Lagune eher dem Freizeitverkehr als dem Gütertransport. Private Charter starten von der Thesen Island Harbour Town, einer gemischt genutzten Uferentwicklung, die auf industriell zurückgewonnenem Land erbaut wurde, wo einst die Knysna Timber Company ihr Sägewerk betrieb. Das Hafengebiet wurde 2005 eröffnet. Die Insel selbst ist über einen Damm mit dem Festland verbunden, der die Long Street über einen Gezeitenkanal führt. Die meisten Anbieter von privaten Bootsfahrten in Knysna legen am östlichen Kai an, einer Reihe von schwimmenden Pontons mit direktem Zugang zum Hauptkanal der Lagune. Die Route zu den Heads umfasst jeweils etwa sechs Kilometer. Die Schiffe fahren typischerweise unter dem 1928 erbauten Betonbogen der Eisenbahnbrücke hindurch und navigieren dann durch eine Reihe flacher Sandbänke, auf denen Austernzuchten die Gezeitenzonen belegen. Die Wassertiefe beträgt im zentralen Becken durchschnittlich drei Meter, fällt jedoch entlang der Ränder auf weniger als einen Meter ab, was lokale Kenntnisse der Navigation erfordert. Mehrere Betreiber bieten Austernverkostungen an, die von Farmen entlang des Südufers stammen. Die Muscheln werden in Korbsystemen gezüchtet, die an schwimmenden Leinen aufgehängt sind – eine Methode, die in den 1940er Jahren in Knysna eingeführt und über die folgenden Jahrzehnte zu einem kommerziellen Aquakulturmodell verfeinert wurde, das heute Restaurants in der gesamten Westkap-Provinz beliefert.
Die Heads selbst bilden ein geologisches Merkmal, das in den letzten sechstausend Jahren durch Welleneinwirkung und Gezeitenströmungen geformt wurde. Die Lücke misst an ihrer engsten Stelle zweihundertfünfzehn Meter. Der Gezeitenaustausch durch diese Verengung kann bei einer Springflut mehr als zwei Knoten überschreiten, was stehende Wellen und Wirbel erzeugt, die die Passage für unerfahrene Betreiber ungeeignet machen. Die meisten privaten Charter bleiben innerhalb der Lagune und nähern sich den Heads bis auf hundert Meter, bevor sie umkehren. Abendliche Abfahrten planen ihre Ankunft so, dass sie mit dem Licht am späten Nachmittag zusammenfällt, das die Westseite des östlichen Heads beleuchtet, einer steilen Klippe aus Table-Mountain-Sandstein, die mit Eisenoxid durchzogen ist. Die Ökologie der Lagune unterstützt über zweihundert Vogelarten, darunter Afrikanische Schreiseeadler und verschiedene Reiherarten. Knysna-Seepferdchen, eine vom Aussterben bedrohte Art, die nur in drei südafrikanischen Flussmündungen vorkommt, bewohnen die Seegraswiesen entlang der nördlichen Ränder der Lagune, obwohl Sichtungen von Booten aus selten sind. Die Wasserklarheit variiert mit Niederschlag und Gezeitenzyklus und erreicht in den trockenen Wintermonaten Sichtweiten von vier Metern.
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