La lagune de Knysna s'étend sur dix-sept kilomètres carrés d'estuaire protégé, là où la rivière Knysna rencontre l'océan Indien par une étroite brèche flanquée de deux falaises de grès connues sous le nom de Heads. La tête orientale s'élève à cent quinze mètres au-dessus du niveau de la mer.
La tête occidentale est légèrement plus basse mais plus accessible. Toutes deux ont été nommées par des navigateurs portugais au XVIe siècle qui considéraient le passage trop dangereux pour la navigation à voile. La lagune elle-même est restée un mouillage frontalier jusqu'en 1804, date à laquelle George Rex, dont la rumeur dit qu'il serait un fils non reconnu de George III, a établi une entreprise d'exportation de bois le long de sa rive nord. Dans les années 1880, Knysna était devenu le principal port de bois dur de la Garden Route, les radeaux de bois jaune et de bois puant étant flottés le long de la rivière et chargés sur des goélettes côtières à l'abri de la lagune.
Aujourd'hui, la lagune sert au trafic de plaisance plutôt qu'au fret. Les locations privées partent de Thesen Island Harbour Town, un développement riverain à usage mixte construit sur des terres industrielles reconquises où la Knysna Timber Company exploitait autrefois son usine. Le quartier du port a ouvert en 2005. L'île elle-même est reliée au continent par une chaussée qui fait traverser Long Street au-dessus d'un chenal à marée. La plupart des opérateurs de croisières privées en bateau à Knysna accostent le long du quai oriental, une rangée de pontons flottants avec un accès direct au chenal principal de la lagune. La route vers les Heads couvre environ six kilomètres dans chaque sens. Les navires passent généralement sous l'arche en béton du pont ferroviaire construit en 1928, puis naviguent le long d'une série de bancs peu profonds où les concessions ostréicoles occupent les zones intertidales. La profondeur de l'eau atteint en moyenne trois mètres dans le bassin central mais tombe à moins d'un mètre le long des franges, nécessitant une connaissance locale du pilotage. Plusieurs opérateurs incluent des dégustations d'huîtres provenant des fermes visibles le long de la rive sud. Les bivalves sont élevés dans des systèmes de paniers suspendus à des lignes flottantes, une méthode introduite à Knysna dans les années 1940 et affinée au cours des décennies suivantes en un modèle d'aquaculture commerciale qui alimente désormais les restaurants dans tout le Cap-Occidental.
Les Heads forment eux-mêmes une formation géologique façonnée par l'action des vagues et l'érosion des marées au cours des six mille dernières années. La brèche mesure deux cent quinze mètres à son point le plus étroit. L'échange de marée à travers ce rétrécissement peut dépasser deux nœuds lors d'un reflux de vive-eau, créant des ondes stationnaires et des remous qui rendent le passage inadapté aux opérateurs inexpérimentés. La plupart des locations privées restent dans la lagune, s'approchant des Heads à moins de cent mètres avant de faire demi-tour. Les départs au coucher du soleil synchronisent leur approche avec la lumière de fin d'après-midi qui illumine la face ouest de la tête orientale, une falaise abrupte de grès de la Table Mountain striée d'oxyde de fer. L'écologie de la lagune abrite plus de deux cents espèces d'oiseaux, dont des aigles pêcheurs africains et plusieurs variétés de hérons. Les hippocampes de Knysna, une espèce en danger critique d'extinction trouvée uniquement dans trois estuaires sud-africains, habitent les herbiers de zostères le long des marges nord de la lagune, bien que les observations depuis les bateaux soient rares. La clarté de l'eau varie avec les précipitations et le cycle des marées, atteignant des profondeurs de visibilité de quatre mètres durant les mois d'hiver secs.
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