A Lagoa de Knysna estende-se por dezessete quilômetros quadrados de estuário protegido, onde o Rio Knysna encontra o Oceano Índico através de uma passagem estreita ladeada por dois penhascos de arenito conhecidos como The Heads. O promontório oriental eleva-se a cento e quinze metros acima do nível do mar.
O ocidental é ligeiramente mais baixo, porém mais acessível. Ambos foram nomeados por navegadores portugueses no século XVI, que consideraram a passagem perigosa demais para a navegação a vela. A própria lagoa permaneceu como uma ancoradouro de fronteira até 1804, quando George Rex, de quem se diz ser um filho não reconhecido de Jorge III, estabeleceu um negócio de exportação de madeira ao longo da sua margem norte. Na década de 1880, Knysna tornou-se o principal porto de madeira de lei da Garden Route, com balsas de yellowwood e stinkwood flutuando rio abaixo e sendo carregadas em escunas costeiras dentro do abrigo da lagoa.
Hoje, a lagoa serve ao tráfego recreativo e não à carga. Os charters privados partem de Thesen Island Harbour Town, um empreendimento à beira-mar de uso misto construído em terras industriais recuperadas, onde a Knysna Timber Company operava sua serraria. O recinto do porto foi inaugurado em 2005. A ilha está ligada ao continente por uma estrada que leva a Long Street através de um canal de maré. A maioria dos operadores de cruzeiros privados em Knysna atraca ao longo do cais leste, uma fileira de pontões flutuantes com acesso direto ao canal principal da lagoa. A rota até The Heads cobre cerca de seis quilômetros em cada sentido. As embarcações geralmente passam por baixo do arco de concreto da ponte ferroviária construída em 1928, depois navegam por uma série de bancos de areia rasos, onde os arrendamentos de ostras ocupam as zonas intertidais. A profundidade da água tem uma média de três metros em toda a bacia central, mas cai para menos de um metro ao longo das margens, exigindo conhecimento de pilotagem local. Vários operadores incluem degustações de ostras provenientes de fazendas visíveis ao longo da margem sul. Os bivalves são cultivados em sistemas de cestas suspensas em linhas flutuantes, um método introduzido em Knysna na década de 1940 e refinado ao longo das décadas subsequentes em um modelo de aquicultura comercial que agora abastece restaurantes em toda a província do Cabo Ocidental.
Os próprios The Heads formam uma feição geológica moldada pela ação das ondas e pela erosão das marés nos últimos seis mil anos. A lacuna mede duzentos e quinze metros no seu ponto mais estreito. A troca de marés através dessa constrição pode exceder dois nós durante uma maré viva, criando ondas e redemoinhos que tornam a passagem inadequada para operadores inexperientes. A maioria dos charters privados permanece dentro da lagoa, aproximando-se de The Heads a até cem metros antes de retornar. As saídas ao pôr do sol cronometram sua aproximação para coincidir com a luz do fim da tarde que ilumina a face ocidental do promontório oriental, um penhasco íngreme de arenito da Table Mountain marcado com óxido de ferro. A ecologia da lagoa sustenta mais de duzentas espécies de aves, incluindo águias-pescadoras africanas e várias variedades de garças. Os cavalos-marinhos de Knysna, uma espécie criticamente ameaçada encontrada apenas em três estuários sul-africanos, habitam os leitos de ervas marinhas ao longo das margens norte da lagoa, embora avistamentos a partir de barcos sejam raros. A clareza da água varia com a chuva e o ciclo das marés, atingindo profundidades de visibilidade de quatro metros durante os meses secos de inverno.
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