La laguna di Knysna si estende per diciassette chilometri quadrati di estuario protetto dove il fiume Knysna incontra l'Oceano Indiano attraverso uno stretto varco fiancheggiato da due scogliere di arenaria note come Heads. L'Head orientale si innalza per centoquindici metri sopra il livello del mare.
L'Head occidentale è leggermente più basso ma più accessibile. Entrambi furono nominati dai navigatori portoghesi nel XVI secolo, che considerarono il passaggio troppo insidioso per la navigazione a vela. La laguna stessa rimase un ancoraggio di frontiera fino al 1804, quando George Rex, che si dice fosse un figlio non riconosciuto di Giorgio III, stabilì un'attività di esportazione di legname lungo la sua sponda settentrionale. Dagli anni ottanta dell'Ottocento, Knysna divenne il principale porto di legname duro della Garden Route, con tronchi di yellowwood e stinkwood fatti galleggiare lungo il fiume e caricati su golette costiere all'interno del riparo della laguna.
Oggi la laguna serve al traffico ricreativo piuttosto che al trasporto merci. I charter privati partono da Thesen Island Harbour Town, uno sviluppo fronte mare a uso misto costruito su terreni industriali bonificati dove un tempo operava il mulino della Knysna Timber Company. Il quartiere portuale ha aperto nel 2005. L'isola stessa è collegata alla terraferma da una strada rialzata che porta Long Street attraverso un canale di marea. La maggior parte degli operatori di crociere private in barca a Knysna ormeggia lungo la banchina orientale, una fila di pontili galleggianti con accesso diretto al canale principale della laguna. Il percorso verso gli Heads copre circa sei chilometri per tratta. Le imbarcazioni solitamente passano sotto l'arco in cemento del ponte ferroviario costruito nel 1928, per poi navigare attraverso una serie di banchi poco profondi dove le concessioni ostricole occupano le zone intertidali. La profondità dell'acqua è in media di tre metri attraverso il bacino centrale ma scende a meno di un metro lungo i margini, richiedendo la conoscenza del pilotaggio locale. Diversi operatori includono degustazioni di ostriche provenienti dagli allevamenti visibili lungo la sponda meridionale. I bivalvi sono allevati in sistemi a cesto sospesi da linee galleggianti, un metodo introdotto a Knysna negli anni quaranta e perfezionato nei decenni successivi in un modello di acquacoltura commerciale che ora rifornisce i ristoranti in tutto il Capo Occidentale.
Gli Heads stessi formano una caratteristica geologica modellata dall'azione delle onde e dall'erosione delle maree negli ultimi seimilanni. Il varco misura duecentoquindici metri nel suo punto più stretto. Lo scambio di marea attraverso questa costrizione può superare i due nodi durante una bassa marea di primavera, creando onde stazionarie e vortici che rendono il passaggio non adatto a operatori inesperti. La maggior parte dei charter privati rimane all'interno della laguna, avvicinandosi agli Heads fino a cento metri prima di tornare indietro. Le partenze al tramonto sincronizzano l'avvicinamento con la luce del tardo pomeriggio che illumina la parete occidentale dell'Head orientale, una scogliera a picco di arenaria della Table Mountain striata di ossido di ferro. L'ecologia della laguna supporta oltre duecento specie di uccelli, tra cui aquile pescatrici africane e diverse varietà di aironi. I cavallucci marini di Knysna, una specie in pericolo critico trovata solo in tre estuari sudafricani, abitano i letti di zostera lungo i margini settentrionali della laguna, sebbene gli avvistamenti dalle barche siano rari. La limpidezza dell'acqua varia con le precipitazioni e il ciclo delle maree, raggiungendo profondità di visibilità di quattro metri durante i mesi invernali secchi.
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